TissueQuest是針對(duì)組織切片或細(xì)胞涂片染色切片進(jìn)行分析的軟件。分析軟件簡(jiǎn)單易用，但是是一個(gè)的分析技術(shù)，可分析的標(biāo)記物的數(shù)量理論上是無(wú)限的。

該軟件的優(yōu)勢(shì)之一是蛋白質(zhì)共表達(dá)的分析

該項(xiàng)是測(cè)量Ki-67的定量表達(dá)和計(jì)算表皮細(xì)胞上陽(yáng)性細(xì)胞百分比，利用TG分析軟件中手動(dòng)畫(huà)圖工具實(shí)現(xiàn)。然而，在此項(xiàng)目中一個(gè)Ki-67共定位分析和盤(pán)狀球蛋白的應(yīng)用取代了手動(dòng)畫(huà)圖圈定區(qū)域。分析由設(shè)置DAPI通道的TG高效核分離運(yùn)算開(kāi)始。核膜，細(xì)胞質(zhì)的或者膜測(cè)量可以在其他通道中被設(shè)定。
盤(pán)狀球蛋白通道的膜被設(shè)定根據(jù)細(xì)胞質(zhì)的測(cè)量。該方法，根據(jù)標(biāo)記物表皮的角化細(xì)胞層被重新建立。盤(pán)狀球蛋白中的高表達(dá)陽(yáng)性細(xì)胞在表皮組織能夠被特異性的找到根據(jù)反向回溯影相。

FACS數(shù)據(jù)展示

TG分析軟件的優(yōu)勢(shì)是FACS數(shù)據(jù)和樣本圖像中被分離的物體的管理方法的實(shí)施。通過(guò)自動(dòng)生成的點(diǎn)狀圖，可以得到Ki-67表皮陽(yáng)性細(xì)胞的測(cè)量數(shù)據(jù)。圖中，盤(pán)狀球蛋白對(duì)Ki-67的平均強(qiáng)度，利用自動(dòng)計(jì)算兩個(gè)標(biāo)記物陽(yáng)性的陰陽(yáng)線被設(shè)定。TG分析軟件都具有該功能。2級(jí)界限會(huì)展現(xiàn)Ki-67和盤(pán)狀球蛋白的陽(yáng)性在點(diǎn)狀圖的右上象限。

Hella細(xì)胞三重染色

熒光分析計(jì)算非常迅速。在57.7秒中Hella細(xì)胞三重染色被分析。

主要特點(diǎn)

• 完整的新用戶界面能夠?qū)嵭锌煽s放數(shù)字玻片

• 感興趣及非感興趣的區(qū)域的圈選、注釋，在數(shù)字化的玻片上圈選，可以達(dá)到更高更簡(jiǎn)單的分析

• 多核計(jì)算機(jī)的應(yīng)用增強(qiáng)了計(jì)算速度

• FISH和其它“細(xì)胞中的點(diǎn)”數(shù)據(jù)如mRNA,病理數(shù)據(jù)陳列等結(jié)果可輸出到excel表中

• 從Mirax和Pannoramica輸入掃描的圖像，然后利用分析

• 相同類型的樣本分析，應(yīng)用分析模板可以再次調(diào)用并重新設(shè)置

• 應(yīng)用計(jì)算參數(shù)測(cè)量比例和百分?jǐn)?shù)測(cè)量參數(shù)在強(qiáng)度染色

• 三種可選數(shù)據(jù)輸出方式

• 能夠?qū)崿F(xiàn)不同切片數(shù)據(jù)的疊加對(duì)比分析

• 應(yīng)用圖像可以實(shí)現(xiàn)相同組織區(qū)域的不同標(biāo)記物的對(duì)比分析

• 選取顏色和圖像輪廓厚度可調(diào)

• TMA的快速分析及復(fù)合結(jié)果輸出

TG FISH工作流程

針對(duì)所有FISH，CISH和點(diǎn)狀結(jié)構(gòu)分析，TG擁有專門(mén)的工作流程。任意點(diǎn)的大小都可以通過(guò)面積、染色強(qiáng)度和標(biāo)記物陽(yáng)性分析。常規(guī)FISH分析通過(guò)Z軸疊加和焦距擴(kuò)展實(shí)現(xiàn)。然后經(jīng)由它或者StrataQuest軟件分析。

點(diǎn)狀分析的算法簡(jiǎn)單且靈活，它根據(jù)染色物的數(shù)量和確定分析的通道。然后系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)運(yùn)行

模塊

TG的軟件模塊可以被定制以滿足不同用戶的需要。新的版本為TissueQuest 4.0。
TG 共有6大模塊:

模塊1-組織學(xué)模塊

該入門(mén)級(jí)模塊支持輸入不同濾片得到的原始熒光灰度圖像，畫(huà)定感興趣區(qū)域得到樣品中染色面積。同樣可以作為標(biāo)注工具。得到數(shù)據(jù)的直方圖，結(jié)果以Excel或PDF格式輸出。
可以單獨(dú)或者與其它模塊一起使用。

模塊2-細(xì)胞核計(jì)數(shù)

與組織學(xué)模塊相似的是，細(xì)胞核計(jì)數(shù)模塊可以得到被染色核的數(shù)量以及其它分析參數(shù)，像細(xì)胞核的面積和染色強(qiáng)度。

模塊3-細(xì)胞與細(xì)胞質(zhì)

該模塊增加了更多細(xì)胞結(jié)構(gòu)方面的分析：胞漿標(biāo)記物的ring mask與cell mask可以通過(guò)升級(jí)的運(yùn)算法則得到。數(shù)據(jù)同樣可以根據(jù)散點(diǎn)圖呈現(xiàn)。

模塊4-診斷

該模塊可以實(shí)現(xiàn)細(xì)胞核和胞質(zhì)室的虛擬通道比較然后可以輸出報(bào)告。可以進(jìn)行圖表比較。度量尺與標(biāo)量可以利用在樣品測(cè)量。

模塊5-Diagnostics Xtended

該模塊可以應(yīng)用cut off值分離圖表中陽(yáng)性和陰性群組。通過(guò)正反向回溯，散點(diǎn)圖和直方圖與圖像可以更好的分析。特殊掃描器得到的圖像一樣可以被應(yīng)用并且可以通過(guò)示例查看器進(jìn)行比較。手動(dòng)修正工具可以應(yīng)用在確定的細(xì)胞核與特殊的區(qū)域內(nèi)。快速ROI工具可以更快范圍更大的得到感興趣區(qū)域與標(biāo)釋。

模塊6-TMA

TG 融合的工作流程

• 數(shù)據(jù)顯示，管理與輸出

• 工作流程易于使用（數(shù)據(jù)自動(dòng)顯示，輸出等 ）

• 樣品觀測(cè)器

• 可以對(duì)樣品進(jìn)行拖拽或者倍數(shù)放大

• 批量處理

• TG模塊的批量處理

• RNA分析

批量數(shù)據(jù)處理
RNA分析
單個(gè)細(xì)胞的確定

選取細(xì)胞染色類型
單個(gè)細(xì)胞通過(guò)*的染色類型被確定。類型可選。對(duì)于細(xì)胞分離專門(mén)主通道被應(yīng)用確定細(xì)胞核。

不同的膜選項(xiàng)和定量分析

細(xì)胞核與細(xì)胞質(zhì)都可以進(jìn)行染色強(qiáng)度的分析。用特殊的運(yùn)算方法尋找并分析胞漿抗原。
數(shù)據(jù)的呈現(xiàn)

被確定的細(xì)胞會(huì)以散點(diǎn)圖的形式顯示，包括表面積/ＤＮＡ和染色強(qiáng)度。類似流式細(xì)胞儀，以個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)細(xì)胞。
需更更詳細(xì)分析時(shí)，ｃｕｔｏｆｆ參數(shù)根據(jù)陰性背景被確定。根據(jù)圈選設(shè)定需要分析的參數(shù)。
任意數(shù)據(jù)圖上ｃｕｔｏｆｆ線都可以被應(yīng)用在其它任意散點(diǎn)圖中。顏色和形狀都可以重新調(diào)節(jié)。

高效分析

計(jì)算的參數(shù)包括平均強(qiáng)度，相對(duì)／陽(yáng)性細(xì)胞數(shù)目，表達(dá)細(xì)胞的比例。
數(shù)據(jù)輸出以表格的格式并顯示四個(gè)象限區(qū)間。之前的版本中類型不能被修改通過(guò)調(diào)節(jié)參數(shù)。


正反向回溯

提供新型數(shù)字化測(cè)量功能。
世界的數(shù)據(jù)與影響正反向回溯功能，利用正向回溯功能，研究者可查看影像中細(xì)胞在散點(diǎn)圖中的位置；利用反向追蹤功能，研究者可以用分子標(biāo)記物找出感興趣的細(xì)胞群之后反推其在組織切片中的細(xì)胞分布，并觀察結(jié)構(gòu)特征，完美結(jié)合分子標(biāo)記資訊與組織結(jié)構(gòu)，在幫助研究者快速定位分化干細(xì)胞等稀有細(xì)胞亞群的研究中有*的優(yōu)勢(shì)。

數(shù)字化應(yīng)用

組織樣本中免疫熒光標(biāo)記的特殊的細(xì)胞或者細(xì)胞族群利用不同的參數(shù)進(jìn)行單獨(dú)的分析，例如細(xì)胞表面表達(dá)或者細(xì)胞內(nèi)分子。
能夠?qū)崿F(xiàn)多種應(yīng)用。
以下是一些分析方法：

特點(diǎn)

• 不僅可以分析TissueFAXS 掃描的圖像還可以對(duì)其它格式的圖像進(jìn)行分析

• 依據(jù)核染色可以通過(guò)圖像確定組織中單個(gè)細(xì)胞

• 在強(qiáng)度測(cè)量中自動(dòng)產(chǎn)生cell body

• 手動(dòng)修改工具的設(shè)定

• 點(diǎn)陣圖與圖像的正反向回溯功能

• 能夠產(chǎn)生無(wú)上限數(shù)量的點(diǎn)陣圖與直方圖

• 可選的數(shù)據(jù)輸出報(bào)告